הוועדה לביקורת המדינה דחתה את ההצעה לבקש כי מבקר המדינה יקיים בדיקה בפרשת הצוללות, ברוב של שבעה מתנגדים מול שלושה תומכים. יו"ר הוועדה ח"כ שלח: " מדובר פה בדיני נפשות בסדר גודל שאין לו כמעט תקדים במערכות אחרות, לנתניהו יש הרבה מה להסתיר ולהסביר". ח"כ מיקי זוהר לח"כ שלח: "לא ייתכן שהוועדה הזו תהפוך כלי לניגוח פוליטי, נשקול את המשך כהונתך בראשות הוועדה"
הוועדה לביקורת המדינה בראשות ח"כ עפר שלח התכנסה לדיון בהצעה לבקשת חוות דעת מבקר המדינה בנושא: "טיפול רשויות המדינה ברכש כלי השייט מחברת טיסנקרופ ותהליך קבלת ההחלטות בנושא". ההצעה נדחתה כאשר שבעה חברי כנסת התנגדו לעומת שלושה שתמכו.
יו"ר הוועדה ח"כ עפר שלח אמר בפתח הדיון: "הדיון הזה נוגע בחלקו בסוגיות חסויות, אנחנו בוודאי לא נעסוק בהם בדיון פתוח, אני מבקש להגביל את הדיון לסוגיה הממשלית. הדיון גם משיק לדיון משפטי. אנחנו זהירים מאוד בנגיעה בעניינים המשפטיים. אנחנו מדברים על מאות מיליונים מתקציב הביטחון, ונגזרות צדדיות ששוות הרבה מאוד כסף, מבלי שנעשית הכרעה מוקדמת כמה צוללות אנחנו צריכים. למה הדברים האלה אל הוכרעו קודם שנפלו ההחלטות? הבדיקה של המבקר היא רלבנטית והייתה צריכה להיעשות גם אם לא היה חשד לשחיתות והיא עוד יותר מחמירה כשאנחנו מדברים על חשד לשחיתות.
לנתניהו יש הרבה מה להסתיר ולהסביר, איך החליט על צוללת שישית כשמערכת הביטחון טוענת עד עכשיו שצריך רק חמש? איך קנינו כלי שיט יקרים דווקא בטיסנקרופ, כדי להגן על אסדת גז שבסוף הוצבה 10 ק"מ מהחוף? בדיוק בשביל זה יש מבקר, ובדיוק בגלל זה ביבי הורה לאנשיו למנוע ממנו לחקור "
ח"כ משה בוגי יעלון ערך סקירה מקיפה על השתלשלות האירועים ואמר: "החלטות רכש כלי השייט והצוללות ממספנת ׳טיסנקרופ׳, מחייבות בדיקה של מבקר המדינה, כמו גם וועדת חקירה ממלכתית. גם תהליך קבלת ההחלטה למכור צוללות מתקדמות למצרים, מחייבת בדיקה, הן של מבקר המדינה והן של וועדת חקירה ממלכתית, ובהקדם. אני בא לדיון ואני מתיימר לא לערב פה פוליטיקה. אנשים שהעידו כאן אומרים תבדקו אותנו. מה שעולה כאן באופן מובהק, שיש דברים שמזמן היו צריכים להיבדק. אני אומר למבקר, הגיע הזמן להשתחרר מהאילוץ של היוע"מש שלא לבדוק את העניין, ולקבוע את הגבול, מה שלא קשור לפלילי שנמצא אצל היועמ"ש, צריך לבדוק. אנחנו כוועדה צריכים לקבל החלטה שנכון שמבקר המדינה יפעל, והוא יכול לפעול גם בלי החלטה שלנו."
ח"כ מיקי זוהר פנה ליו"ר הוועדה ח"כ שלח ואמר: "עפר אתה יו"ר הוועדה לביקורת המדינה וזו אולי אחת הוועדות החשובות בכנסת. הייתי סבור שבשום מצב לא ייתכן שהוועדה הזו תהפוך כלי לניגוח פוליטי. אני לא חושב שהדיון היום הוא ענייני או מקצועי. כשאני רואה את ח"כ יעלון סוקר את הסקירה מתוך רצון לפגוע בראש הממשלה נתניהו, המסקנה שהדיון הזה הוא חסר תוחלת. אין שום אפשרות גם לא משפטית להביא למצב שהמבקר יבדוק את הנושא. זה דיון מופרך, אנחנו יודעים את האמת, אין לכם דרך לנצח את נתניהו בקלפי ולכן הדרך היחידה שאתם נוקטים בה זו רדיפה פוליטית ומשפטית נגד ראש הממשלה.
היה לי חשוב לעמוד במילה שלי ולא להתערב בהחלטות האופוזיציה מי עומד בראש איזו ועדה. אני לא פוסל את האפשרות לבחון להחליף אותך כיו"ר הוועדה לאור ההתנהלות הלא מקצועית שפוגעת בשמה הטוב של הוועדה וייתכן שיש לשקול את המשך כהונתך בראשות הוועדה. נבחן את האפשרות שיש בפנינו."
ח"כ קרעי: "כל התזה הזו היא רכילות שאיתה פתחתם את קמפיין הבחירות באפריל 2019, אבל הדברים התבררו וכל הרכילות הזולה הזו והניסיון להשמיץ את ראש הממשלה התבררו כחסרות שחר. גם המשטרה וגורמי הביטחון אמרו שאין שחר לדברים. יש עובדות שהחברה הזו לא הרוויחה שקל, להביא את זה שוב ושוב, ח"כ יעלון זקנתך מביישת את בחרותך בעניין הזה. אם אתם רוצים לבדוק דברים בענייני שחיתויות לא חסרים דברים גם במפלגה שלכם שאפשר להביא לכאן לבדיקה."
ח"כ יואב סגלוביץ': "המבקר לא צריך את חברי הכנסת כדי לבדוק, הוא יכול לקבל החלטה. היום למדינת ישראל יש 4 ספינות מצויינות אבל שלא היו צריכים אותם אלא היו צריכים ספינות אחרות. כשמבקר המדינה רואה הליך קבלת החלטות קלוקל של בזבוז משאבים הוא צריך לבדוק. כשאין פורום אחר, זה תפקידו של המבקר. לכן יש לו חובה ללכת לכיוון הזה של בדיקה שאיננה קשורה לשאלות המשפטיות. מבקר המדינה ראוי שיבחן את הדברים בצורה עניינית מקצועית ואם צריך גם מסווגת. לגבי בקשת ההחלפה של יו"ר הוועדה, אני מכיר את זה ממקומות אחרים, לא מדמוקרטיות. עפר עושה עבודה טובה ולכן זה מעצבן אתכם."
ח"כ אופיר כץ: "צר לי שאנחנו מקיימים את הדיון הלא ראוי הזה. לצערי חברי הכנסת שלח ולפיד ממשיכים להפיץ את העלילה השקרית כנגד נתניהו בכל דרך, ועכשיו אתם משתמשים בוועדה ככלי למימוש הפנטזיה שלכם בנושא הזה. גם המשטרה וגם הפרקליטות אמרו שנתניהו לא קשור ואתם בכוח מנסים לדחוף את זה לציבור. אתם נפלתם על השכל, לחשוב שנתניהו שנתן את כל כולו לביטחון ישראל, ימכור את ביטחון מדינת ישראל בשביל כסף? אם הציבור היה חושב כך הוא לא היה נותן אמון בנתניהו פעם אחר פעם."
פרופסור תא"ל (במיל'), שאול חורב, ראש המרכז לחקר מדיניות ואסטרטגיה ימית ולשעבר מפקד שייטת הצוללות: "אנחנו עשינו עבדות מטה מקיפה ובסופו של דבר הבאנו את המספר חמש למספר הצוללות הדרוש. אינני יודע איזו עבודת מטה נעשתה לגבי הצוללת השישית. שר הביטחון אהוד ברק תמך בצוללת השישית. עמדתי האישית היא שצריך שש צוללות אבל צריך לעשות על זה עבודה מסודרת. אני לא יודע אם מערכת הביטחון עשתה עבודה בנושא הזה."
זאב לנדאו, ר' סגן הרכש אוויר ים במשרד הביטחון אמר: "הדרישה למנהל הרכש בנושא כלי השיט, התחלנו לטפל בה כשההחלטה הייתה גמורה וחלוטה."
אחז בן ארי, לשעבר היועץ המשפטי למערכת הביטחון: "במשך כמעט 4 שנים אנחנו חיים עם פרשה שמלווה את חיינו ומוגדרת כאחת הפרשות החמורות ביותר שאירעו כאן אי פעם. נפתחה חקירת משטרה יש החלטה להגיש כתבי אישום נגד עובדי ציבור בכירים. המשטרה המליצה שהגוף המוסמך יבדוק אותה. והדבר הזה לא קרה עד היום . לא מדובר פה בעניין אישי. אם כשראשי מערכת הביטחון אומרים שהדבר הזה נדרש, אז אם לא על זה תהיה בדיקה של מבקר המדינה, אז על מה כן?"
תא"ל (מיל') שמואל צוקר, לשעבר ראש מנהל הרכש במשרד הביטחון: "אירוע שכזה הוא חריג וחריף, לא ייתכן שעד היום, אירוע כה לא נבדק ולא נבחן בתוך המערכות עצמן ואצל מבקר המדינה. אף אחד לא ראה לנכון לזמן אותי על הפרשה. הסטודנטים שלי יודעים יותר על הפרשה מאשר האנשים שמקבלים את ההחלטות. המקרה הזה, שכולם מדברים עליו, עד היום אנחנו לא יודעים כמה זה יעלה. אולי סוף סוף מישהו ייתן תשובה למה הדבר הזה לא תוחקר. זה אירוע חמור שמקרין על אירועים אחרים."
עו"ד אליעד שרגא, יו"ר התנועה לאיכות השלטון, שעתרה לבג"ץ בנושא: "כל מי שנתן תצהיר בעתירה שהגשנו אלה אנשים פטריוטים שהקדישו את חייהם למען ביטחון המדינה. ראשי ממשלה לשעבר, שרי ביטחון, רמט"כלים, ראשי שב"כ ומוסד שמסרו עדויות מאוד מפורטות על כל מה שקרה באירוע הזה. למעשה כל הצמרת הביטחונית מתייצבת מאחורי הדרישה להקים ועדת בדיקה בנושא. שווה לא לישון טוב בלילה כי בסופו של דבר מדובר בביטחון הלאומי של מדינת ישראל. כל אחד צריך להיות חרד שלידנו משייטות ארבע צוללות מצריות. צריכים לקחת את המלצת המשטרה ולבצע מהלך של ועדת חקירה ממלכתית.
מי שיקרא את העבודות יראה יש המון ראיות, תבינו שיש כאן אירוע חמור, יום הכיפורים של מדינת ישראל מבחינת הביטחון. יש כאן פיגוע בתהליכי קבלת ההחלטות, פיגוע בתהליכי רכש והצטיידות, פיגוע במשמעות הכלכלית כשמדובר פה במיליארדים על מיליארדים."
במהלך דבריו של עו"ד שרגא התפתחו חילופי דברים קשים בינו חברי הכנסת מהליכוד קטי שטרית, שלמה קרעי ואופיר, שטענו כלפי עו"ד שרגא שהוא אובססיבי לנתניהו, משמיץ אותו מעל כל במה, ומונע מתוך האג'נדה הפוליטית האישית שלו."
יו"ר הוועדה ח"כ עפר שלח סיכם את הדיון ואמר: "אני רואה חשיבות לדיון הזה ולו בגלל שהוא מראה לנו לאיזה רמות של חוסר רלבנטיות מגיע דיון, שהוא בדיני נפשות פר אקסלנס. אני אומר לכם מידיעה שהדיון הוא דיון אדיר שקורע את מערכת הביטחון, והעובדה שהוא מוכרע בצורה כזו, ושההחלטות מתקבלות בתהליך, כמו שהוא הוצג על ידי אנשים חסרי פניות לחלוטין, הדבר הזה הוא בעייתי. בעייני הנושא הזה הוא מהנושאים הראשונים שמבקר המדינה צריך להידרש אליו, מדובר פה בסדר גודל שאין לו כמעט תקדים במערכות אחרות."
כאמור, ההצעה לבקש את חוות דעתו של מבקר המדינה בנושא נדחתה כאשר שבעה חברי כנסת הצביעו נגד לעומת שלושה שהצביעו בעד.